پس از بازگشت شمس ندامت و سکوت مخالفان دیری نپائید و موج مخالفت با او بار دیگر بالا گرفت. تشنیع و بدگوئی و زخم زبان چندان شد که شمس این بار بی خبر از همه قونیه را ترک کرد و ناپدید شد و به قول ولد (ناگهان گم شد از میان همه ) چنانکه دیگر از او    خبری خبری نیامد . اندوه و بیقراری مولانا از فراق شمس این بار شدیدتر بود . چنانکه سلطان ولد گوید :
بانگ و افغان او به عرش رسید ناله اش را بزرگ و خرد شنید
منتهی در سفر اول شمس غم دوری مولانا را به سکوت و عزلت فرا می خواند ، چنانکه سماع و رقص و شعر و غزل را ترک گفت و روی از همگان درهم کشید . لیکن در سفر دوم مولانا درست معکوس آن حال را داشت ؛ آن بار چون کوه به هنگام نزول شب ، سرد و تنها و سنگین و دژم و خاموش بود ، و این بار چون سیلاب بهاری خروشان و دمان و پر غریو و فریاد گردید . مولانا که خیال می کرد شمس این بار نیز به جانب دمشق رفته است ، دوباره در طلب او به شام رفت ؛ لیکن هر چه بیشتر جست ، نشان او کمتر یافت و به هر جا که میرفت و هر کس را که می دید سراغ شمس میگرفت . غزلیات این دوره از زندگی مولانا از طوفان درد و شیدائی غریبی که در جان او بود حکایت

می کند .

میخائیل ای . زند درباره همجانی شمس تبریزی و مولانا جلال الدین محمد بلخی  ( مولوی ) چنین اظهار نظر می کند : « بطور کلی علت اینکه مولوی دیوان خود و تک تک اشعار آن را نه بنام خود ، بل به نام شمس تبریزی کرد ، نه استفاده از آن به عنوان ابزار شعری و نه احترام یاد رفیق گمگشته را ملحوظ کرده بود . شاعر که رفیق جانان را در عالم کبیر دنیای مادری گم کرده بود، وی در عالم صغیر روح خویشتن می یابد . و مرشدی را که رومی بدین طریق در اندرون خویش می یابد ، بر وی سرود میخواند و شاعر تنها نقش یک راوی را رعایت می کند . لکن از آنجا که این اشعار در روح او زاده شده اند ، پس در عین حال اشعار خود او هستند. بدین طریق جلال الدین رومی در عین حال هم شمس تبریزی است که سخنانش از زبان وی بیرون می آید و هم شمس تبریزی نیست . و شمس ذهنیت شعر است ، آفریننده شعر است ، قهرمان تغزلی این اشعار است ، و در عین حال در سطح او ل ، سطح تغزلی عاشقانه که در اینجا به طور کنایی پیچیده شده است ، عینیت آن نیز بشمار میرو د . تمایل جلال الدین به سوی وحدت مطلق  است . لکن شمس تبریزی به درک حقیقت آسمانی نایل آمده بود ، در آن محو شده بود ، و بخشی از آن گردید بود . بدین ترتیب نخستین سطح ادراک که در شعر صوفیانه معمولا به وسیله یک تعبیر ثنوی از سطح دوم جدا میشود ، در اینجا به طور دیالکتیکی به سطح دوم تعالی می یابد .
در هر حال زندگانی شمس تبریزی بسیار تاریک است . برخی ناپدید شدن وی را در سال 643 هجری دانسته اند و برخی درگذشت او را در سال 672 هجری ثبت کرده اند و نوشته اند که در خوی مدفون شده است . (لازم به توضیخ است : نگارنده ( رفیع ) در سفری که به  سال 1366 خورشیدی به قونیه کردم ، آرامگاهی مجلل در شهر قونیه ترکیه بنام آرامگاه شمس تبریزی   مشاهده نمودم ) .
این عارف کم نظیر ایرانی یکی از آزاد اندیشان جهان است که بشریت به وجودش فخر خواهد کرد . مجموعه تقریرات و ملفوظات وی بنام مقالات موجود است که مریدانش آن را جمع کرده اند . از جمله گفته است :
« این مردمان را حق است که با سخن من الف ندارند ، همه سخنم به وجه کبریا می آید ، همه دعوی می نماید . قرآن و سخن محمد همه به وجه نیاز آمده است ، لاجرم همه معنی می نماید . سخنی میشنوند ، نه در طریق طلب و نه در نیاز ، از بلندی به مثابه ای که بر می نگری کلاه می افتد . اما این تکبر در حق خدا هیچ عیب نیست ، و اگر عیب کنند ، چنانست که گویند    خدا   متکبرست ، راست گویند و چه عیب باشد ؟ »